四川大学制药工程专业设立于1998年，是全国首批招生的几所重点院校之一，在较短的时间形成了化学制药、生物制药、中药制药以及制剂工程等专业方向齐全的制药工程专业，采取重点本科、基地班、创新班以及校际联合培养的多种方式。现有在校本科生约600人，已并逐步形成“理工相融、实践导向、创新训练”的办学特色，2011年获准“国家级特色专业”建设，已发展成为全国综合院校实力最强的制药工程专业和学科之一，并于2013年度获准建设四川省卓越工程师教育培养计划。2015年，制药工程专业顺利通过了工程教育专业认证。
目前的制药工程专业涵盖了药物及制药中间体合成工艺及设备、天然药物技术及工程、药物制剂工程、药物分析及制药过程检测、药物计算机辅助分子设计及过程模拟、新材料与新制剂研究与开发和生物制药等方向。已建设成同时具有制药工程学士、硕士、博士学位授予权、博士后流动站以及工程硕士授予权的我国少数几所高等院校之一，在中国西部独占鳌头，在全国颇具影响力。
该专业现有在职专业教师33人，其中94%的教师具有博士或硕士学位，90%以上的教师具有不同程度的工业化或科技转化的工程实践经验。与此同时还聘请有大中型制药企业、设计院、研究院的高级工程师、专家为兼职教师，担任毕业教学指导、理论和实践课程授课等教学工作。
培养目标：培养适应21世纪现代医药工业生产与发展需要的毕业生。学生应系统地掌握现代制药工程及相关科学技术的基本理论、基本知识和基本技能，具有良好的人文素养和创新意识，能从事医药及相关领域的工艺与工程设计、技术与生产管理、质量管理与控制、技术与产品研发、经营管理等工作，成为所从事领域的专业技术和管理工作的骨干。
主干课程：计算机基础、物理化学、生物化学、化工原理、生物药理学、药剂学、药物化学、天然药物化学、生物制药技术、药剂制剂工程、药物分析、药事管理与法规、化学制药工艺学、药物研制与开发。
毕业要求：
1.工程知识-掌握制药工程相关的数学、自然科学、工程基础、药学基础、专业知识，具备解决复杂制药工程问题的初步能力。
2.问题分析-通过基础实验、专业实验、工程实践、科学研究与工程设计的基本训练，综合应用数学、自然科学和工程科学的基本原理，识别、表达、并通过文献研究分析复杂制药工程问题，获得有效结论。
3.设计/开发解决方案-能够设计针对复杂的制药工程问题的解决方案，设计满足特定需求的系统、单元（部件）或工艺流程，并能够在设计环节中体现创新意识，考虑社会、健康、安全、法律、文化以及环境等因素。
4.研究-能够基于科学原理并采用科学方法对复杂的制药工程问题进行研究，包括设计实验、分析与解释数据、并通过信息综合得到合理有效的结论。
5.使用现代工具-能够针对复杂的制药工程问题，开发、选择与使用恰当的技术、资源、现代工程工具和信息技术工具，包括对复杂的制药工程问题的预测与模拟，并能够理解其局限性。
6.工程与社会关系-能够基于制药工程相关背景知识进行合理分析，评价专业工程实践和复杂工程问题解决方案对社会、健康、安全、法律以及文化的影响，并理解应承担的责任。
7.环境和可持续发展-能够理解和评价针对复杂的制药工程问题的工程实践对环境、社会可持续发展的影响。
8.职业规范-具有人文社会科学素养、社会责任感，能够在制药工程实践中理解并遵守工程职业道德和规范，履行责任。
9.个人和团队-能够在多学科背景下的团队中承担个体、团队成员以及负责人的角色。
10.沟通-能够就复杂的制药工程问题与业界同行及社会公众进行有效沟通和交流，包括撰写报告和设计文稿、陈述发言、清晰表达或回应指令。并具备一定的国际视野，能够在跨文化背景下进行沟通和交流。
11.项目管理-理解并掌握工程管理原理与经济决策方法，并能在多学科环境中应用。
12.终身学习-具有自主学习和终身学习的意识，有不断学习和适应发展的能力。
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